Endemic Scrub Dypius w Ameryce Południowej czesc 4

Wszystkie próbki przeprowadzono w dwóch powtórzeniach razem z izolatem O. tsutsugamushi od pacjenta z Laos (kontrola dodatnia, ścieżki 7 i 8 oraz ścieżki 17 i 18 [wielkość produktu była zniekształcona w wyniku przeciążenia próbki]) i kontrole negatywne ( ścieżki 9 i 10 oraz pasy 19 i 20) jako zewnętrzne kontrole. Sterowanie powtarzało i niezawodnie pokazywało poprawny wynik. W teście PCR 47 kD, ścieżki i 2 pokazują prawidłowe amplikony przy 1000 bp dla próbek w buforze. Na ścieżkach 3 i 4 próbka eschar-1 wykazuje wiele słabych pasm przy wielkości docelowej, a eschat-2 (ścieżki 5 i 6) jest ujemny. W teście PCR o masie 56 kD, ścieżki 11 i 12 nie wykazują wzmocnienia właściwej wielkości z próbki bufo-powleczonej. Próbki eschar-1 i eschar-2 pokazują prawidłowy rozmiar amplikonu w trzech z czterech reakcji. Produkty PCR wizualizowano na 1,5% żelu agarozowym przed oczyszczeniem za pomocą zestawu QIAquick do ekstrakcji z żelu (Qiagen) zgodnie z instrukcjami producenta. Panel B pokazuje analizę filogenetyczną sekwencji 286-bp genu 56-kD otrzymanej z połączonymi amplikonami eschatek od Pacjenta (KU756137, Chiloe, Chile 2015). Historia ewolucji została wywnioskowana za pomocą metody największej wiarygodności opartej na modelu Tamura-Nei. Pokazano drzewo o największym prawdopodobieństwie zapisu (-1 479,2759). Wartości Bootstrap są wyświetlane obok gałęzi. Uzyskaliśmy początkowe drzewa automatycznie, stosując algorytmy Neighbor-Join i BioNJ w oprogramowaniu Molecular Evolutionary Genetics Analysis, wersja 6.0 (MEGA6), do macierzy odległości parami oszacowanych przy maksymalnym podejściu złożonego prawdopodobieństwa, a następnie wybierając topologię o najwyższym prawdopodobieństwie logu wartość. Analiza obejmowała 29 sekwencji nukleotydowych. Analiza molekularna próbek od Pacjenta została przeprowadzona w Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU) w Laosie. Testy zagnieżdżonej reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) dla starterów specyficznych dla genu dla pełnej długości genów kodujących 47-kD białko HtrA i antygen swoisty dla 56-kD (określane dalej jako geny 47-kD i 56-kD ) przeprowadzono z DNA ze szparkem i kożuszkiem leukocytarnym, jak opisano na rysunku 2.6. Amplikony PCR sekwencjonowano za pomocą Macrogen (Seoul, Korea Południowa), a sekwencję 286-bp z genu 56-kD użyto do rekonstrukcji filogenetycznej, która obejmowała 28 sekwencji. gatunków orientia wybranych z GenBank, dostosowanych do użycia ClustalW (www.clustal.org) i porównanych metodą największej wiarygodności. Próbki od Pacjentów 2 i 3 badano na genie 56 kD w Chile zgodnie z protokołami LOMWRU (Figura 2). Ponadto, wszystkie próbki kożuszka i surowicy były analizowane za pomocą specyficznych dla danego gatunku protokołów PCR w celu wykrycia rickettsia, ehrlichia i anaplazmy (patrz Dodatek dodatkowy).
Wyniki
Testy serologiczne
Anti-O. Pozytywność IgG i IgG tsutsugamushi u Pacjenta została potwierdzona przez dwa niezależne laboratoria. Serokonwersja IgG została udokumentowana przy użyciu pięciu różnych antygenów; najwyższe miana obserwowano przy użyciu antygenów ze szczepu Karp, szczepu Gilliam oraz kombinacji szczepów Gilliam i Litchfield, a najwyższe miano wzrostu od pierwszego dnia po rozpoczęciu gorączki do 22 dnia obserwowano z antygenami ze szczepu Gilliam, Szczep Sido i kombinacja szczepów Gilliam i Litchfield (Tabela 1)
[patrz też: salubris bielawa, szczepionka błonica tężec krztusiec, kwasowa erozja szkliwa ]

Powiązane tematy z artykułem: kwasowa erozja szkliwa salubris bielawa szczepionka błonica tężec krztusiec