Dziedziczne mutacje genów naprawczych DNA u mężczyzn z przerzutowym rakiem prostaty cd

Korelacyjne dane kliniczne zebrano w każdym ośrodku z wykorzystaniem elektronicznych rejestrów pacjentów i wprowadzono do zidentyfikowanych baz danych. Badanie zostało zaprojektowane przez międzynarodowych badaczy specjalizujących się w zwalczaniu raka prostaty Stand Up To Cancer-Prostate Cancer Foundation . Sponsorzy badania nie mieli żadnej roli w projektowaniu badania, gromadzeniu lub analizie danych ani przygotowywaniu manuskryptu. Rękopis został napisany przez czterech autorów. Wszyscy autorzy dokonali przeglądu rękopisu, zgodzili się na przesłanie manuskryptu do publikacji oraz zapewnili dokładność i kompletność danych oraz wierność badania do protokołu. Analiza sekwencjonowania i bioinformatyki
W przypadku analizy obejmującej Case Series 1, 2 i 6 przeprowadzono sekwencjonowanie całego DNA DNA linii płciowej i nowotworu, jak opisano wcześniej.18 DNA zarodkowe z wymazów z policzków, kożuszków leukocytarnych lub pełnej krwi izolowano przy użyciu QIAGEN DNeasy Zestaw krwi i tkanek. Sekwencjonowanie całego egzonu przeprowadzono na urządzeniu Illumina HiSeq 2500 w trybie sparowanego końca.
Do analizy przypadku serii 3, DNA linii płciowej ekstrahowano ze śliny lub próbek wymazu z policzka przy użyciu zestawu Oragene (DNA Genotek). Biblioteki do ukierunkowanego sekwencjonowania skonstruowano za pomocą dostosowanego panelu GeneRead DNaseq (Qiagen) obejmującego 53 geny i uruchomionego na sekwenserze Illumina MiSeq, jak opisano wcześniej.
W przypadku analiz przypadków z serii 4 i 5, DNA linii zarodkowej ekstrahowano z krwi obwodowej lub z tkanki niedrobnokomórkowej iz dopasowanego DNA nowotworu, jak opisano wcześniej.19 Ukierunkowane głębokie sekwencjonowanie przeprowadzono z panelem BROCA 53 genów szlaku naprawy DNA. Rurka bioinformatyczna została wcześniej opisana.20,21 W przypadku guzów z Case Series 5, analizy przeprowadzono za pomocą sekwencjonowania egzomu, jak opisano poprzednio.22 W przypadku Case Series 7, sekwencjonowanie genomowe guza i linii płciowej przeprowadzono jak opisano wcześniej, przy pomocy zastosowanie testu sekwencjonowania następnej generacji w oparciu o wychwyt hybrydowy MSK-IMPACT.23,24
Średnia głębokość zasięgu sekwencjonowania była większa niż 100 × dla wszystkich serii przypadków, z wyjątkiem sekwencjonowania BAP1, BARD1, BRIP1 i FAM175A, które nie zostały uwzględnione w panelu Royal Marsden Hospital, oraz GEN1, który nie został uwzględniony w Royal Marsden Hospital lub panel Memorial Sloan Kettering. Dane z Royal Marsden Hospital i Memorial Sloan Kettering zostały ocenzurowane pod kątem analizy tych genów. Dodatkowo, dane zostały ocenzurowane dla CHEK2 w 158 przypadkach, dla których zakres sekwencjonowania egzonu był niekompletny. Głębokość zasięgu dla każdego genu według miejsca jest podana w tabeli S4 w dodatkowym dodatku.
Aby porównać nasze wyniki z danymi pochodzącymi od dużej grupy pacjentów z miejscowym rakiem prostaty, przeanalizowaliśmy dane publiczne z badania raka gruczołu kancerogennego raka jelita25. Odczyty na końcu pary (100 bp) zostały dostosowane do ludzkiego genomu hg19 przy użyciu of Burrows-Wheeler Aligner. Adnotacje zostały zdefiniowane w ANNOVAR (http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest). Częstotliwość alleli populacji wyodrębniono z Exo Aggregation Consortium ExAC Browser (http://exac.broadinstitute.org/), 1000 genomów (www.1000genomes.org) i bazy danych polimorfizmu pojedynczego nukleotydu Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej ( dbSNP), wersja 138 (www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP).
Interpretacja wariantów
Tabela 2
[patrz też: imikwimod, badanie urodynamiczne cena, badanie ige cena ]

Powiązane tematy z artykułem: badanie ige cena badanie urodynamiczne cena imikwimod